Il calcio fece ben presto breccia in Sud America, grazie alla folta presenza di emigranti inglesi. Soprattutto in Argentina dove, nell’ultimo ventennio dell’Ottocento, vennero fondate numerose società polisportive. Ma diversamente da ciò che si potrebbe supporre, non fu la capitale Buenos Aires la patria originaria del fútbol. Bensì La Plata, una città istituita solo pochi anni prima dal governatore della provincia (di Buenos Aires) Dardo Rocha. La denominazione della prima società fu “Club de Gimnasia y Esgrima La Plata”, sostanzialmente perché i primi sport praticati furono ginnastica e scherma. Poi, negli anni a venire, il club si dedicò ad altre discipline, tra le quali l’atletica leggera, la pallacanestro, il rugby e il calcio.
Il club calcistico nacque ufficialmente il 3 giugno 1887, dopo una riunione avvenuta presso la Camera di Commercio di La Plata. Tra i cinquanta fondatori, tutti appartenenti al ceto nobile cittadino, figuravano Ramón Falcón, politico e militare argentino, e Saturnino Perdriel, commerciante e funzionario presso il Dipartimento del Tesoro della Provincia di Buenos Aires. Quest’ultimo ricoprì la carica di presidente, anche se per appena un anno visto nel 1888 morì improvvisamente. Durante l’assemblea costitutiva venne anche nominata una commissione (composta da Domingo Echeverri, Dante Pelanda, Ramón L. Falcón e Julio Llanos) per preparare la bozza preliminare dello statuto.
Fino al 1900 l’attività si svolgeva in locali chiusi, vista la prevalenza degli sport indoor, ma poi venne deciso di realizzare un campo sportivo. Questo evento ebbe grandi ripercussioni nella città di La Plata e nel 1903 il Gimnasia y Esgrima aveva già due squadre da poter schierare. La formazione A era composta da: Pividal, H. Salas, J. Sánchez Viamonte, R. Salas, A. Peredo, C. Sagastume, R. Tolosa, Demartini, Horacio, Honorio Tolosa, J. Calviño. La formazione B schierava invece: R. Tolosa, M. Capodónico, F. Roux, J. Monteverde, A. Pérez, J. Sagastume, H. Tolosa, R. Casterán, Jorge L. Hirschi, F. Gambier, A. Ferreireoa.
Solitamente queste due compagini affrontavano squadre composte da marinai inglesi le cui navi erano attraccate nel vicino porto di Ensenada. Nel 1905 il Gimnasia y Esgrima abbandonò il sistema delle amichevoli e aderì alla neonata Federazione di calcio Argentina. Ciò gli permise di partecipare al campionato di terza divisione (con la formazione A) e di quarta divisione (con la formazione B). Tra le prime rivali vi furono Villa Ballester, Facultad de Medicina, Catedral Norte, River Plate, Belgrano e Porteño. Contro queste due ultime formazioni arrivarono due vittorie roboanti, 8-0 e 5-1. La prima casacca ufficiale era a righe verticali bianche e celesti e fu adottata per i primi due anni.
Terminato il campionato successe un fatto che rischiò di minare il futuro del Gimnasia y Esgrima. Il club dovette lasciare la cancha de las calles 31 y 71, il campo sportivo in cui si allenava e giocava le partite di campionato, perché in quel luogo doveva essere costruito un istituto di istruzione. Si venne a creare quindi una frattura tra i vari soci: alcuni proponevano di costruire un nuovo campo, altri volevano tornare a praticare solo attività indoor come la ginnastica e la scherma. I primi, che ritenevano il fatto accaduto un pretesto per abbandonare calcio, considerato uno sport da poveri, decisero di uscire dalla società e fondarono un’altra storica formazione argentina, l’Estudiantes.
Solo nel 1912 il Gimnasia y Esgrima tornò a occuparsi di calcio. Un gruppo di calciatori in conflitto con l’Estudiantes si unirono al Club Independencia, che in seguito si fuse nel Gimnasia y Esgrima nel 1914. Da quel momento ripartì la storia di questo ultracentenario club.