Le prime prove libere del venerdì e del sabato mattina (condizionate anche dall’acqua) hanno dato già dato un quadro della situazione piuttosto definito: Marc Márquez con la sua Honda si trova perfettamente a suo agio sul circuito del Sachsenring come da pronostico (6 vittorie nelle ultime 6 edizioni sul circuito tedesco); le Yamaha sono abbastanza in difficoltà soprattutto con Lorenzo (che dovrà affrontare addirittura la Q1 per entrare in Q2), mentre Rossi, dopo un inizio non facile, ha dimostrato nel turno del sabato mattina di potersi migliorare. Ottime sessioni anche per la Ducati in particolare con Iannone spesso nelle primissime posizioni. Lorenzo, nonostante una caduta a fine turno, riesce a superare il Q1 con il secondo tempo dietro a Petrucci.
I piloti scendono subito in pista per il primo run con un nuovo set di gomme (tranne Lorenzo): Iannone inizia subito male la sessione con una scivolata dopo curve; Marquez si conferma in testa alla classifica, dietro di lui a meno di un decimo un po’ a sorpresa Barbera e Rossi. Intanto Lorenzo sembra non aver ancora risolto i problemi e naviga in mezzo al gruppo a mezzo secondo dal miglior crono.
A cinque minuti dal termine i piloti scendono con il secondo set di gomme nuove nel tentativo di migliore il precedente tentativo. I primi a lanciarsi sono Iannone e Lorenzo, però lo spagnolo dopo poche curve cade nuovamente (seconda caduta in 15 minuti tra Q2 e Q1) ed è costretto ad abbandonare anzitempo la qualifica. Nel secondo run pochi piloti riescono a migliorarsi: Márquez migliora il suo tempo e conferma la pole, la prima fila con Barbera e Rossi rimane invariata. Ottima qualifica per Petrucci che conclude al quarto posto, male le Ducati ufficiali con Dovizioso e Iannone rispettivamente settimo e nono. Giornata da dimenticare per il campione del mondo Lorenzo che chiude undicesimo.
| 1 | M. MARQUEZ | 1:21.160 | |
| 2 | H. BARBERA | +0.412 | |
| 3 | V. ROSSI | +0.506 | |
| 4 | D. PETRUCCI | +0.506 | |
| 5 | P. ESPARGARO | +0.578 | |
| 6 | M. VIÑALES | +0.624 | |
| 7 | A. DOVIZIOSO | +0.698 | |
| 8 | A. ESPARGARO | +0.723 | |
| 9 | A. IANNONE | +0.730 | |
| 10 | D. PEDROSA | +0.732 |